Po uchycení viru na povrchu jaterní buňky splývá jeho obal s buněčnou membránou. Jeho genetická informace (RNA) se dostává dovnitř. Buňka začíná vyrábět podle předlohy nové součásti virů. Děje se tak na úkor jejích původních funkcí. Po kompletaci jednotlivých dílů vzniká nový virus. Ten proniká přes buněčnou membránu ven, napadá další buňky a dál se množí.
Napadená buňka je zaregistrována systémem obrany organismu a složité mechanismy postupně vedou k jejímu zániku. Tělo se proti viru brání tím, že ničí napadené buňky. Samo tak přispívá ke zkáze vlastních jater. Samotná hepatitida probíhá v několika fázích:
Nákaza
Viry napadají zdravé buňky v játrech a začínají se v nich množit.Zánět
V akutní počáteční fázi začíná zánět jater. Ten může trvat od 2 do 12 týdnů. Imunitní systém se snaží proti virům bojovat. Velké množství virů je organismem zničeno, zbývající se však stále množí. Tímto nekonečným bojem u více než 85 procent osob vzniká chronická infekce. Během ní nemusí nemocný pociťovat žádné příznaky. Zánět může pokračovat až několik desetiletí, aniž o tom postižený ví.Fibroza
Dlouhotrvající zánět a poškození jater zanechávají v jaterní tkáni nevratné změny. Snaha o jejich nápravu vede ke zmnožení vazivové tkáně. Ta nahrazuje původní funkční tkáň jater. Počet zdravých a fungujících jaterních buněk se rychle snižuje.Cirhoza
Při silné fibróze se na játrech tvoří uzlíky a jizvy, které úplně mění původní strukturu jater. Játra „tvrdnou“. Stoupá tlak v krevním řečišti, rozvíjí se tzv. portální hypertenze. To vyvolá řadu komplikací. K nejzávažnějším patří:- krvácení z jícnu a žaludku
- hromadění tekutiny v dutině břicha (ascites)
- krvácení kvůli nedostatku faktorů potřebných pro srážení krve
Pokračující choroba přestavuje jaterní tkáň. Játra přestávají být schopna plnit své základní funkce. V krevním řečišti se hromadí škodliviny. Ty působí na mozek, vyvolávají zmatenost a poruchy vědomí (jaterní encefalopatie, kóma). V cirhózou změněných játrech může začít nádorové bujení a vzniknout rakovina (hepatocelulární karcinom). V nejtěžším případě čeká nemocného smrt.

